Nastava je organizirana u kombiniranim odjeljenjima od 1. do 4. razreda te od 5. do 8. razreda

S učenicima se radi individualno ili u skupinama

Nastava se provodi u učionici, igraonicama odjela ili uz bolesnički krevet

Duljina trajanja školskog sata prilagođena je trenutnim mogućnostima učenika

Sa svakim učenikom se radi po programu njegove matične škole

Nastava je u potpunosti individualizirana (prilagođena individualnim sposobnostima svakog djeteta)    

Često se u Školi u bolnici organiziraju integrirani nastavni dani i tjedni s temama koje su učenici odabrali

U suradnji s gradskim kazalištima za učenike se organiziraju i kazališne predstave

Bolnički učitelji cjelokupno radno vrijeme posvećuju poučavanju učenika u bolnici